| Archeologický ústav, Brno | ARUB-Q | Ústav výzkumu globální změny (Centrum výzkumu globální změny, Ústav systémové biologie a ekologie, Ústav ekologie krajiny *
|
UEK-B |
| Archeologický ústav, Praha | ARU-G | Ústav experimentální botaniky | UEB-Q |
| Archiv (do r. 2005)
|
A-Z
MSUA-W |
Ústav experimentální medicíny | UEM-P |
| Astronomický ústav | ASU-R | Ústav fyzikální chemie J.Heyrovského | UFCH-W |
| Biofyzikální ústav | BFU-R | Ústav fyzikálního inženýrství (do 1996)
Od 1997 |
UFY-G
UT-L |
| Biologické centrum | BC-A | Ústav fyziky atmosféry | UFA-U |
| Biotechnologický ústav | BTO-N | Ústav fyziky materiálu | UFM-A |
| Botanický ústav | BU-J | Ústav fyziky plazmatu | UFP-V |
| Entomologický ústav | ENTU-I | Ústav geoniky | UGN-S |
| Etnologický ústav | UEF-S | Ústav chemických procesů | UCHP-M |
| Filozofický ústav | FLU-F | Ústav informatiky | UIVT-O |
| Fyzikální ústav | FZU-D | Ústav jaderné fyziky | UJF-V |
| Fyziologický ústav | FGU-C | Ústav makromolekulární chemie | UMCH-V |
| Geofyzikální ústav | GFU-E | Ústav molekulární biologie rostlin** | UMBR-M |
| Geologický ústav | GLU-S | Ústav molekulární genetiky | UMG-J |
| Historický ústav | HIU-Y | Ústav organické chemie a biochemie | UOCHB-X |
| Hydrobiologický ústav** | HBU-Z | Ústav pro českou literaturu | UCL-M |
| Katedra jazyků (do r. 2006) | KJ-F | Ústav pro elektrotechniku (do r. 2005)
Od 2006 |
UE-C
UT-L |
| Knihovna AV ČR | KNAV-K | Ústav pro hydrodynamiku | UH-J |
| Masarykův ústav (do r. 2005)
Od 2006 |
MSU-R
MSUA-W |
Ústav pro hudební vědu (do r. 2002)
Od 2003 |
UHV-H
UEF-S |
| Masarykův ústav + Archiv (od r. 2006) | MSUA-W | Ústav pro jazyk český | UJC-A |
| Matematický ústav | MU-W | Ústav pro klasická studia (do r. 2003)
Od 2004 |
UKS-T
FLU-F |
| Mikrobiologický ústav | MBU-M | Ústav pro soudobé dějiny | USD-C |
| Národohospodářský ústav | NHU-N | Ústav přístrojové techniky | UPT-D |
| Orientální ústav | OU-W | Ústav půdní biologie** | UPB-H |
| Parazitologický ústav** | PAU-O | Ústav radiotechniky a elektroniky (do r. 2006)*
Ústav fotoniky a elektroniky |
URE-Y |
| Psychologický ústav | PSU-E | Ústav státu a práva | USP-I |
| Slovanský ústav | SLU-S | Ústav struktury a mechaniky hornin | USMH-B |
| Sociologický ústav | SOU-Z | Ústav teoretické a aplikované mechaniky | UTAM-F |
| Spol. laboratoř pevných látek (do r. 2002) od 2003 | SLCHPL-S
UMCH-V |
Ústav teorie informace a automatizace | UTIA-B |
| Technologické centrum | TS-N | Ústav termomechaniky | UT-L |
| Ústav analytické chemie | UIACH-O | Ústav živočišné fyziologie a genetiky | UZFG-Y |
| Ústav anorganické chemie | UACH-T | ||
| Ústav biologie obratlovců | UBO-W | ||
| Ústav dějin umění | UDU-I |
* změna názvu ústavu
**Ústav je součástí Biologického centra AV ČR
Ústavy zapsané kurzívou zanikly, nebo byly sloučeny s jinými ústavy.
